Vorlesungsankündigung

Zeitliche und räumlich-zeitliche Modellierung von Infektionskrankheiten

am Institut für Statistik, Ludwig-Maximilians-Universität München.

Termine

10-13. Oktober 2011 jeweils 08:30 bis 16:00 Uhr

Zielgruppe

Die Vorlesung wendet sich an Studenten des Masterstudiengangs Biostatistik, ist aber auch für Masterstudenten anderer Studiengänge
(Master Statistik, Master Epidemiologie) offen.

Inhalt

Anwendung von statistischen Methoden in der zeitlichen und räumlich-zeitlichen Modellierung und Überwachung von Infektionskrankheiten.

Temporale Modellierung -- In diesem Teil werden Modelle für die Anzahl beobachtete Krankheitsfälle pro Zeiteinheit (=Zähldatenzeitreihen) behandelt und Algorithmen für die Überwachung solcher Zeitreihen diskutiert, u.a. die Methode von Farrington und CUSUM-Methoden. Des Weiteren werden Methoden zum Umgang mit Meldeverzug bzw. der Rückrechnung zwischen Erkrankungsbeginn und Expositionszeitpunkt erläutert. Abschließend wird das zeit-stetige Susceptible-Infectious-Recovered (SIR) Modells zur Modellierung von Infektionskrankheiten vorgestellt.
Räumlich-zeitliche Modellierung -- Die behandelte temporale Modellierung wird auf die Situation der multivariaten Zähldatenzeitreihen erweitert. Außerdem werden Erweiterungen des SIR-Modell und diskutiert, die es erlauben räumliche Heterogenität bei der Modellierung und Inferenz zu berücksichtigen. Erste Ansätze zur Überwachung in solchen Modellen werden kurz vorgestellt.

Die Methoden der Vorlesung werden mittels Anwendungsbeispiele, u.a. des RKIs, untermauert und mit Übungen im CIP-Pool mit dem R-Paket surveillance praktisch umgesetzt. Eine Komponente wird dabei der Umgang mit georeferenzierten Infektionsdaten (Kreis, PLZ) mittels R und dem Open-Source GIS Programm QGIS sein.

Voraussetzungen

VL Stochastische Prozesse, VL Generalisierte Regressionmodelle, R Kentnisse
Nice to have, aber nicht notwendig: VL Räumliche Statistik, VL Überlebensdaueranalyse

Prüfungsleistung

Hausarbeit (in Gruppen bis 2 Personen). Bearbeitungszeit: 4 Wochen nach Aufgabenstellung, die nach der VL im Internet veröffentlicht wird.
Durch bestandene Prüfungsleistung werden 3 ECTS erworben.

Vorlesungssprache

Deutsch. Falls Bedarf besteht auch gerne Englisch. Die Folien werden auf Englisch sein.

Anmeldung

Wegen begrenztem Platz im CIP-Pool bitte Anmeldung per E-Mail an die unten angebene E-Mail-Adresse (hoehle AT Domäne) bis 01.10.2011 mit Name, E-Mail-Adresse, Prüfungsordnung und Semester. Die Veranstaltung findet im Seminarraum des Instituts und im CIP-Pool statt.

Vorlesungsfolien

Vorlesungsfolien (4 Pro Seite, LaMo: 28 Oct 2011)

History:
20/10/2011 -- Corrected a few typos found during the lecture. Rewrote backprojNP code examples such that the syntax is compatible with the function actually available in version 1.3-0 of the surveillance package.
08/10/2011 -- Uploaded files used in lecture

Übungen

Blatt	Inhalt	Support Files	Lösung
Übung 1	Infektionsepidemiologische Modellierung		R
Übung 2	Nowcasting und Rückrechnung	outbreak.txt, incupmf.txt, backprojNP.R	R
Übung 3	Farrington Algorithmus und das surveillance-Paket	biosurvbook.R	R

Hausarbeit

Die Hausarbeit ist bis zum 5. Dezember 2011 zu bearbeiten und soll per E-Mail an mich geschickt werden. Details entenhmen sie bitte der Angabe. Für Rückfragen stehe ich selbstverständlich zur Verfügung.

Daten zur Aufgabe 2 -- csfv-netherlandx.csv

In einer E-Mail an die angemeldeten Teilnehmer wurde weiteres Supporting-Material besprochen.