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Statistische Methoden für Genomik und Proteomik

Vorlesung (3 SWS) mit Übung (1 SWS) im Wintersemester 2008-2009


Inhalt

Technologische Innovationen in der Genomanalyse (Genomik) und Identifikation von Proteinen (Proteomik) ermöglichen die Untersuchung biologischer und biomedizinischer Fragestellungen mit Hilfe von so genannten Hochdurchsatz-Daten, die aus genomischen und proteomischen Experimenten resultieren. Die adäquate Analyse solcher Daten führt zu neuen Methodiken in Biostatistik und Bioinformatik. Das Modul gibt eine Einführung und einen Überblick zu Problemen und Konzepten der stochastischen Modellierung und statistischen Inferenz von hochdimensionalen Daten, die sich aus substantiellen Fragestellungen in molekularer Biologie und Biomedizin ergeben. Nach einer Einführung in die datengenerierenden Technologien, etwa Microarray- und Massenspektrometrie-Techniken, liegt der Schwerpunkt auf der Planung, der statistischen Inferenz und der Analyse von Daten, die aus den entsprechenden Experimenten resultieren. Das Modul vermittelt das Verständnis und die Kenntnis moderner statistischer Verfahren zur Analyse von Hochdurchsatz- Daten aus Genomik und Proteomik. Sie befähigt die Studierenden zur eigenständigen Analyse solcher Daten und zur Beurteilung neuer Entwicklungen in diesem rasch wachsenden Gebiet.

Struktur
  • A. Einführung in die biologischen Konzepte und datengenerierenden Technologien
  • B. Univariate Analysen bei hochdimensionalen Daten, multiples Testen
  • C. Prädiktion bei hochdimensionalen Daten
  • D. Erkennung von komplexen Strukturen (Überblick über Clustering, Netzwerke, Interaktionen)
Datum Kapitel Titel Link zur Übung
13.10.2008 0, A.1 Einführung
17.10.2008 A.2 SNP Daten und kurze Einführung in die genetische Epidemiologie Übung A.2
20.10.2008 A.3 Genexpressionsdaten (inkl. Normalisierung) Übung A.3-4
24.10.2008 A.4 Proteomische Daten Übung A.3-4
27.10.2008 31.10.2008 B.1 Univariate Analysen Übung B.1
3.11.2008 7.11.2008 B.2 Multiples Testen Übung B.2
10.11.2008 C.1 Prädiktion mit hochdimensionalen Daten - Einführung
14.11.2008 C.2 Klassifikation
17.11.2008 C.3 Schätzung der Fehlerrate
21.11.2008 C.4 ''Good Practice''

Literatur

Material
  • Vorlesungsfolien können auf Wunsch den Vorlesungsteilnehmern per Email zugeschickt werden.

Scheinerwerb (6 ECTS-Punkte)

durch Bestehen der Klausur (120 Minuten) am Ende des Semesters.