###################################################
### chunk number 1: prelim
###################################################
rm(list=ls())
try(detach(package:nlme))
try(detach(package:lme4))
setwd('W:/lehre/longitudinal_sommer08/uebung')
options(width = 80, prompt = "R>")


###################################################
### chunk number 2: 1a eval=FALSE
###################################################
## plot(augPred(m))
## plot(m, resid(.)~age|Subject,abline=0)


###################################################
### chunk number 3: 1asol
###################################################
library(nlme)
data(Orthodont)
m <- lme(distance ~ I(age-11)*Sex , random= ~1|Subject, data=Orthodont)
summary(m)
print(plot(augPred(m)))


###################################################
### chunk number 4: 1asol2
###################################################
print(plot(m, resid(.)~age|Subject,abline=0))


###################################################
### chunk number 5: 1bsol
###################################################
m2 <- update(m,random=~I(age-11)|Subject)
print(plot(comparePred(m,m2)))


###################################################
### chunk number 6: 1bsol2
###################################################
print(plot(m2, resid(.)~age|Subject,abline=0))


###################################################
### chunk number 7: 1bsol3
###################################################
lmlist <- lmList(distance ~ I(age-11), data=Orthodont)
print(plot(intervals(lmlist)))


###################################################
### chunk number 8: 1csol
###################################################
m2.ml <- update(m2,method='ML')
getVarCov(m2)
getVarCov(m2.ml)


###################################################
### chunk number 9: 1csol2
###################################################
print(plot(compareFits(coef(m2)[,1:2],coef(m2.ml)[,1:2])))


###################################################
### chunk number 10: 2a
###################################################
m.mar <-  gls(distance ~ I(age-11)*Sex, correlation = corSymm(form=~ 1| Subject), data=Orthodont)
summary(m.mar)
cov.m.mar <- getVarCov(m.mar)
varb.m<-getVarCov(m)[1,1]

cov2cor(cov.m.mar)
varb.m/(varb.m+m$sigma^2)


###################################################
### chunk number 11: 2a2
###################################################
intervals(m.mar,which='var-cov')


###################################################
### chunk number 12: 2b
###################################################
m.mar2 <-  gls(distance ~ I(age-11)*Sex, correlation = corCompSymm(form=~ 1| Subject), data=Orthodont)
summary(m.mar2)
getVarCov(m.mar2)
cov2cor(getVarCov(m.mar2))